为加强临床重点专科的建设与管理，不断提高临床重点专科的医疗技术水平与科研水平，促进医学专科人才队伍建设，增强医疗服务能力，满足人民群众不断增长的健康需求，扬州市卫健委于2019年组织专家组按照《扬州市三级医院市级临床重点专科评审标准》对市人民医院申报市级重点专科进行了现场评审，最终确认重症医学科、医学影像科为市级临床重点专科，肾脏内科等三个科室为重点专科建设单位。至此，市人民医院在原有心血管内科、呼吸内科、神经内科、消化内科、普外科、骨科、泌尿外科、神经外科、妇产科、儿科、口腔科、麻醉科、医学检验科13个扬州市临床重点专科的基础上增加到15个、重点专科建设单位3个，位于扬州市同级医院前列。
近年来，市人民医院不断加强人才学科建设，着力打造一批重点专科，综合实力不断提升，2019年被确认为三级乙等综合性医院，此次重点专科评审，不仅是对该院现有医疗技术力量的充分认可，更体现了医院相关临床专科在区域内的领先水平，同时通过这些重点专科的领跑，也必将带动医院各学科建设更好更快地发展，为人民群众提供更高水平的医疗保障。
重症医学科（扬州市级临床重点专科）
重症医学科目前开设床位18张，现有医生9人，其中硕士研究生3名，护士27人，具有丰富的内、外科临床工作经验和团结协作的精神，经过重症医学理论实践的强化训练，有全面的理论基础和较强的实践操作能力。能够对脑血管意外，重症肺炎，重症心肌炎，急性胰腺炎，呼吸心跳骤停，多发伤，各类中毒，各种大中型手术围手术期等，以及继发心功能衰竭，呼吸衰竭，急性肾功能衰竭，凝血功能障碍，各类休克，多器官功能衰竭的危重病人，开展24小时严密监测及强化治疗，早期识别并迅速阻止危重病人病情进一步恶化，稳定病情，为原发病的治疗和最终康复创造条件和赢得时间。2020年，科室有医生3人、护士3人援鄂抗击新冠肺炎疫情，技术水平和业务素质得到当地医院和患者认可。
肾脏内科（扬州市级临床重点专科建设单位）
肾脏内科现有医生8人、护士29人、其中硕士研究生3人。科室常规开展各种肾脏内科常见病的诊疗项目和检查，在慢性肾脏病的防治，急性肾损伤、急性肾小管坏死、急性间质性肾炎、中毒等救治，慢性肾功能衰竭合并脑出血、消化道出血、急性肺水肿、高钾血症、顽固性皮肤瘙痒、继发性癫痫和慢性肾脏病-矿物质与骨异常（CKD-MBD）等治疗，狼疮性肾炎、紫癜性肾炎、糖尿病肾病、难治性高血压等方面诊治积累了丰富的临床经验。科室将不断提高业务技能，做好本地区肾脏病的防治工作，进一步开展好肾活检、腹膜透析、连续性肾脏替代治疗（CRRT）等先进技术，不断提高肾脏内科疑难危重病例的救治成功率。
胸外科（扬州市级临床重点专科建设单位）
胸外科现有医师5名，其中硕士研究生2名，博士研究生在读1名。科室能够开展食管、肺良恶性病变、肺小结节、纵膈、气胸等胸外科常见病的诊疗以及主持疑难危重病的抢救和治疗，曾获高邮市科技进步奖一项。科室拥有先进的临床诊疗和胸部微创设备为各类胸外科疾病的诊治提供完善的平台，能够独立开展胸腹腔镜联合食管癌根治术、胸腔镜下肺癌根治术、胸腔镜下肺结节切除术、胸腔镜下纵膈肿瘤切除术、胸腔镜下肺大疱切除及气胸等胸外科微创手术先进技术，积累了丰富的临床经验。2017年与上海胸科医院合作共建肺部肿瘤外科诊疗中心，罗清泉教授定期来邮门诊手术，年肺部肿瘤微创手术近百例。
医学影像科（扬州市级临床重点专科）
医学影像科包括放射科（含介入科）和超声科两个二级专科。其中放射科医师24名，其中硕士研究生1名。科室配置64排128层螺旋CT、1.5T磁共振、双板DR、DSA等医疗设备，能开展全身各部位的影像学检查及诊断，在本地区率先开展肺穿刺活检、前列腺动脉栓塞术治疗前列腺增生，肺小结节术前定位术等新技术，开展大多数血管和非血管介入诊疗。超声科有医生18名，其中硕士研究生2名，经过几代人的努力，科室已经发展成为集超声诊断、介入治疗及健康普查为一体的综合性检查科室。目前科室常规开展腹部、浅表器官、妇产、心脏及血管彩超检查，其中介入超声及产科四维彩超是全市唯一常规独立开展的医疗机构。
肿瘤科（扬州市级临床重点专科建设单位）
肿瘤科包括肿瘤内科和肿瘤放疗科两个二级专科，科室现有医生10人、护士24人、技师5人，其中硕士研究生5名，科室具有全面先进的诊疗技术和丰富的诊疗经验，能够对晚期或播散性癌症做全身化疗（包括根治性化疗和挽救性化疗），对已行手术治疗的恶性肿瘤患者进行术后巩固化疗，以清除可能存在的微小转移癌，防止复发转移。对中晚期恶性肿瘤患者进行新辅助化疗，使病灶缩小后再行手术治疗，从而减少手术创伤，提高手术切除率及疗效。对癌症晚期患者实施三阶梯止痛及综合治疗，力争使癌症病人不痛，提高患者的生活质量。可以进行各系统肿瘤的常规放疗、三维适形放疗及调强放疗，根据疾病的诊疗需求进行术前放射治疗和术后放射治疗，进行根治性放疗和姑息性放疗。能够熟练使用PICC、深静脉置管和微泵持续点滴技术及其他辅助措施，减轻化疗反应，提高化疗效果，保证化疗方案顺利有效进行。