肛肠科是高邮市中医医院特色专科之一，创建于一九七九年，经过三十余年的发展壮大，目前为医院一级科室，该科有主任中医师1名，主治中医师2名，硕士研究生1名，住院中医师1名。拥有床位15张，有独立的门诊、检查室、病房手术室。配有激光、肠镜、高频电刀等设备。该科采用研制的“痔科1-4号”中药熏洗方、注射硬化、微创手术、理疗等中西医结合治疗方式，每年开展门诊、病房手术数百例，对高位复杂性肛瘘、直肠内脱垂、环状混合痔、直肠息肉、慢性结肠炎等肛肠科疑难病症均有独特的疗效，病员普遍反映无明显痛苦、住院时间短、疗效好。精湛的医疗技术和良好的服务质量，不仅在本地树立了良好的信誉，且辐射到周边县市。同时作为本市肛肠科中医医疗、教学、科研中心，每年接待数名南京中医药大学、安徽中医药大学、扬州医学院等高等院校学生实习，并接受乡镇卫生院专科医师进修学习。